Tháng 5 năm 2005, 17 người bị giết trong những vụ phản kháng chống Mỹ. Các lính gác Mỹ ở nhà tù tại Vịnh Guantánamo Cuba đã bang bổ nhục mạ kinh Koran. Tháng 9 năm 2005, Afghanistan cho tổ chức các cuộc bầu cử nghị viện dân chủ đầu tiên trong hơn 25 năm.

Phe Taliban tiếp tục tấn công quân lính Hoa Kỳ suốt năm 2005 và 2006. Năm 2006là năm chết chóc nhiều nhất cho quân lính Hoa Kỳ, từ khi chiến tranh bắt đầu năm 2001. Năm 2004 và 2005, mức độ quân Mỹ tại Afghanistan đã dần tăng lên đến gần 18.000 từ số thấp là 10.000. Suốt mùa xuân 2006, quân lính Taliban - đó là một lực lượng có nhiều ngàn người – xâm nhập vào Nam Afghanistan, khủng bố dân làng địa phương và tấn công cả quân Afghanistan lẫn Hoa Kỳ.